Подобно другим многочисленным пещерам Воронежского края, Костомаровские подземелья притягивали к себе горячие сердца простого русского народа, стремившегося к подвижничеству на примере м
многих русских святых. В 20–30-е годы ХХ века при пещерах сформировалась небольшая община. Была закрыта советской властью. 20 августа 1946 года был зарегистрирован первый церковный совет. В очередной раз закрыли во время хрущевских гонений.
Но вынужденные покинуть эти места подвижники помнили предсказания старцев, согласно которым жизнь в пещерах должна возродиться. В 1993 году под руководством благочинного протоиерея Александра Долгушева началась расчистка пещер и возрождение здесь православной обители. Первая служба прошла в пещерном храме Серафима Саровского. Приехавшие на нее паломники из Павловска и Россоши ночевали под открытым небом. Но благодать Божия и соборная молитва скрасили все бытовые неудобства. Простые верующие расчищали пещеры, подводили электричество. По благословению митрополита Воронежского и Липецкого Мефодия был заложен фундамент под наземный храм в честь иконы Пресвятой Богородицы «Взыскание погибших», строительство которого завершилось уже в наши дни.
В 1997 году в возрождающейся обители появляются первые монахини, переведенные из Задонского монастыря: Серафима, Иосафа и Дионисия. Общее руководство по устройству здесь женского монастыря переходит теперь в руки матушки Серафимы (Ивановой). В скором времени при Костомаровских пещерах появился и постоянный священник – иеромонах Кирилл (Россихин). Строительство продолжалось: отреставрировали пещерный комплекс, возвели сестринский корпус с домовой церковью, к обители провели асфальтированную дорогу. 1 апреля 1999 года Священный Синод Русской Православной Церкви принял Устав Костомаровского Спасского женского епархиального монастыря, зарегистрированный 31 декабря 1999 года Управлением юстиции администрации Воронежской области. Именно с этого времени, на самом исходе ХХ века, при Костомаровских пещерах начал официально функционировать женский монастырь, уходящий своими корнями в глубокое прошлое.
